果胶酶是水果加工中重要的酶，应用果胶酶处理破碎果实，可加速果汁过滤，促进澄清等。应用其他的酶与果胶酶共同使用，其效果更加明显，如秦蓝等采用果胶酶和纤维素酶的复合酶系制取南瓜汁，大大提高了南瓜的出汁率和南瓜汁的稳定性。并通过扫描电子显微镜观察南瓜果肉细胞的超微结构，显示出单一果胶酶制剂或纤维素酶制剂对南瓜果肉细胞壁的破坏作用远不如复合酶系。又如张倩等提出了一种新型果蔬加工酶—粥化酶（含有果胶酶、纤维素酶、半纤维素酶及蛋白酶等），可提高果蔬果汁的出汁率，增加澄清度，在果蔬加工中有广阔的应用前景

果胶酶的应用（根据试验情况进行调整）      

1、果酒工业：可用于对水果（广泛应用于苹果、梨、草莓、山楂、酸枣、柠檬、黑加仑等）果汁的分离澄清，果酒生产按原料的万分之一至万分八添加；果汁澄清按原料的万分之0.2-万分之一添加。

2、饲料工业：有效降解饲料中存在的非淀粉多糖等抗营养因子，降低食糜粘度，减少的发生；摧毁植物细胞壁结构，内营养物质释放，提高饲料中营养物质的利用效率；消除抗营养因子对类样生长因子IGF-I分泌的抑制，促进蛋白质的合成，提高瘦肉率； 抑制有害微生物生长，增加有益菌的数量，维持动物微生物的动态平衡；扩大饲料配方中原料使用种类，充分利用副产品等非常规饲料资源，降低配方成本。

建议添加量 

果胶酶添加量为50—100mg/kg果汁（10kg果汁添加 0.5-1g左右果胶酶），先将酶用少量果汁溶解，再加入全部果汁中，混合均匀40℃静置处理2-4小时，时间延长至12小时，可以减少至百万分之一到十万分之一，请用户根据小试确定用量。